การค้นหาและการวิเคราะห์ลำดับนิวคลีโอไทด์ของยีนซี-ไฟโคไซยานินหน่วยย่อยเบตาจาก Thermosynechococcus sp. TUBT-T01

Abstract

          ซี-ไฟโคไซยานิน คือไฟโคบิลิโปรตีนชนิดหนึ่ง มีสีน้ำเงินและมีความสำคัญต่อการสังเคราะห์ด้วยแสงของไซยาโน แบคทีเรีย ปัจจุบันมีการนำซี-ไฟโคไซยานินมาใช้เป็นสีผสมในอาหารและเครื่องสำอาง อีกทั้งมีการรายงานว่าซี-ไฟโคไซยานิน มีสมบัติในการต้านอนุมูลอิสระได้ดีงานวิจัยนี้มีวัตถุประสงค์เพื่อค้นหาและวิเคราะห์ลำดับนิวคลีโอไทด์ของยีนซี-ไฟโคไซยานิน หน่วยย่อยเบตา (cpcB) จากไซยาโนแบคทีเรียน้ำพุร้อน  Thermosynechococcussp. TUBT-T01 ผู้วิจัยได้ออกแบบคู่ไพรเมอร์ เพื่อเพิ่มปริมาณยีน cpcB ด้วยปฏิกิริยาลูกโซ่พอลิเมอเรส และโคลนเข้าสู่เวกเตอร์ pGEM-T easy เพื่อหาลำดับนิวคลีโอไทด์ ผลที่ได้พบว่ายีน cpcB มีขนาด 519 คู่เบส และมีความเหมือนสูงสุดกับยีน cpcB ของ Thermosynechococcus sp. NK55a, T. elongatus BP-1 และ Synechococcus vulcanus อยู่ 97% ซึ่งพบว่าไซยาโนแบคทีเรียทั้ง 3 ชนิดนี้ ดำรงชีพในแหล่งที่มีอุณหภูมิสูงเช่นกัน เมื่อพิจารณาที่ระดับโปรตีนพบว่าโปรตีน CpcB มีความยาว 172 กรดอะมิโน และพบกรดอะมิโนกลูตามีน ตำแหน่งที่ 68 และแอสพาราจีน ตำแหน่งที่ 21 ที่อาจมีความเกี่ยวข้องกับเสถียรภาพของซี-ไฟโคไซยานินที่อุณหภูมิสูง                 C-Phycocyanin, a blue-colored pigment, is a type of phycobiliproteins that has an important role in light-dependent photosynthetic reactions of cyanobacteria. It is used as a natural pigment in food and cosmetics and has also been shown to possess antioxidant properties. The aim of this study was to identify and analyze the nucleotide sequences of a gene encoding a C-phycocyanin beta subunit (cpcB) belonging to Thermosynechococcus sp. TUBT-T01, a thermophilic cyanobacterium. Primers were designed to amplify cpcB gene by polymerase chain reaction and DNA fragment was ligated to pGEM-T easy vector for nucleotide sequencing. The sequencing results showed that the cpcB gene was 519 base pairs in length and its nucleotide sequences had 97% identity to those of thermophilic Thermosynechococcus sp. NK55, T. elongatus BP-1 and Synechococcus vulcanus. At the protein level, CpcB protein was made up of 172 amino acids. The presence of glutamine at position 68 and asparagine at position 21 were noticeable and their presence could involve in the stability of C-phycocyanin at high temperature.