เครือข่ายปฏิสัมพันธ์ระหว่างโปรตีนของการสังเคราะห์กรดจัสโมนิก ในอะราบิดอพซิส ทาเลียนา และการจัดกลุ่มยีนออนโทโลยี

Abstract

          เครือข่ายปฏิสัมพันธ์ระหว่างโปรตีนสามารถสร้างได้จากฐานข้อมูลสาธารณะ และเครื่องมือทางชีวสารสนเทศที่เปิดให้ใช้ฟรี วัตถุประสงค์ของงานวิจัยนี้จะทำการสร้างเครือข่ายปฏิสัมพันธ์ระหว่างโปรตีนของโฮโมโลกัสโปรตีนในวิถีการสังเคราะห์กรดจัสโมนิกของอะราบิดอพซิส ทาเลียนา เพื่อตรวจสอบข้อมูลโฮโมโลกัสโปรตีนและเครือข่ายที่ได้เทียบกับเครือข่ายการแสดงออกร่วมของยีนจากงานวิจัยของ van Verket al. (2011) ซึ่งพบว่าเครือข่ายปฏิสัมพันธ์ระหว่างโปรตีนที่ได้มีความแตกต่างออกไปมากเนื่องมาจากความแตกต่างของข้อมูลปฏิสัมพันธ์ทางพันธุกรรมและทางกายภาพ จากฐานข้อมูลที่ใช้ในการสร้างเครือข่ายนอกเหนือไปจากข้อมูลการแสดงออกร่วมของยีน แต่การแปลผลทางชีวภาพของทั้งสองเครือข่ายด้วยยีนออนโทโลยีไม่มีความแตกต่างกัน ดังนั้นการสร้างเครือข่ายปฏิสัมพันธ์ระหว่างโปรตีนจึงไม่สามารถนำมาใช้ได้กับวิถีการสังเคราะห์กรดจัสโมนิก และเมื่อทำการจัดกลุ่มยีนออนโทโลยีก็พบว่ามีส่วนช่วยในการแปลผลทางชีวภาพได้ดียิ่งขึ้น แต่ถ้าหากมีการพัฒนาเครื่องมือการจัดกลุ่มและปรับปรุงฐานข้อมูลยีนออนโทโลยีให้สอดคล้องกับวัตถุประสงค์ของการใช้งานได้ ก็จะทำให้การแปลผลทางชีวภาพมีความถูกต้องและตรงตามความต้องการมากยิ่งขึ้น           Protein-protein interaction (PPI) networks can be reconstructed from public database and open-source bioinformatics tools. The aim of this work is to establish an PPI networks of homologous protein of jasmonic acid synthesis pathway in Arabidopsis thaliana from an existing co-expression network of van Verk et al. (2011) and compared them. We found that the extended PPI networks, comprising genetic and physical interactions, were different to the initial co-expression network, where the genes were linked by the expression patterns. However, the results of both biological interpretation on gene ontology are not different. Therefore, PPI network construction can not be applied to the case of jasmonic acid synthesis pathway. Gene ontology clustering was found to better contribute for biological interpretation. If the tools for gene ontology clustering and its database are developed in accordance with the purpose of the use, it will make biological interpretation more accurate and meet the demand.