การสำรวจกลไกการยับยั้งการอักเสบของสารออกฤทธิ์จากหัวหอมโดยการวิเคราะห์เครือข่ายปฏิสัมพันธ์ของโปรตีนบนพื้นฐานโมดูล

Abstract

          หัวหอมเป็นพืชที่นิยมนำมาใช้ในการประกอบอาหารที่อุดมไปด้วยสารออกฤทธิ์จากธรรมชาติหลากหลายชนิด โดยเฉพาะสารกลุ่มฟลาโวนอยด์เป็นสารที่มีปริมาณสูงในหัวหอมและมีฤทธิ์ทางด้านเภสัชวิทยาในการต้านการอักเสบ การตรวจสอบเครือข่ายปฏิสัมพันธ์ทางชีวภาพบนพื้นฐานโมดูลจะเป็นสิ่งสำคัญที่ทำให้ค้นพบกลไกการต้านการอักเสบของสารออกฤทธิ์กลุ่มฟลาโวนอยด์ที่พบในหัวหอม ในงานวิจัยนี้จึงอาศัยกระบวนการทางชีวสารสนเทศในการสืบค้นข้อมูลโปรตีนเป้าหมายข้อมูลปฏิสัมพันธ์ระหว่างโปรตีนกับโปรตีนและข้อมูลโปรตีนการอักเสบ การวิเคราะห์เครือข่ายบนพื้นฐานโมดูล และการแปลผลทางชีวภาพ จากการศึกษาพบว่าสารออกฤทธิ์ที่พบในหัวหอมทั้งหมดเกี่ยวข้องกับวิถีการส่งสัญญาณ MAPK และ NF-𝜅B ซึ่งเป็นวิถีที่ควบคุมกระบวนการภายในเซลล์และการผลิตสารสื่อกลางการอักเสบ ผ่านการออกฤทธิ์ที่โปรตีนการอักเสบที่เป็นโปรตีนเป้าหมายจำนวน 5 ชนิด ได้แก่ MAPK14, NFKB1, NOS2, PTGS2 และ TNF ซึ่งโปรตีนเหล่านี้จะถูกนำมาพิจารณาสำหรับการเป็นโปรตีนเป้าหมายเพื่อยืนยันผลในระดับห้องปฏิบัติการต่อไป            Onion (Allium cepa L.) is a popular plant used as an ingredient in many dishes. This plant is a rich source of several natural active compounds, especially, flavonoids are enriched in onion and has pharmacological effects on the anti-inflammation. Biological network and module-base analysis can be employed to find a role and molecular mechanisms involving the anti-inflammation of flavonoid in onion. In this study, we aimed to use bioinformatic tools to search for potential target proteins, protein-protein interactions, and the proteins involving anti-inflammatory pathways. The module-based network analysis and biological interpretation were performed. From the analyses, we have found five active compounds in onions, relating to the MAPK and NF-𝜅B signaling pathways, which may relate to the control processes within cell and inflammatory mediator production, through the action of five target inflammatory proteins, namely MAPK14, NFKB1, NOS2, PTGS2 and TNF. These proteins will be further verified experimentally and presented in the future.